Vytvoření nové sítě: Držení pravého tlačítka nad šedou plochou vpravo rozvine kruhové menu. V menu vyberte "New net". (Držení pravého tlačítka slouží vždy k vyvolání kruhového menu).
Z levého sloupce rozviňte menu "Tool box". Pomoci drag & drop vytáhněte položku "Create".
Pomocí prvních tří nástrojů nakreslete síť. Zvolený nástroj lze "upustit" znovukliknutím na nástroj v paletě "Create" nebo v kruhovém menu položkou "Drop tool". Pomocí položky v kruhovém menu je pak možné také místa a přechody kopírovat (Clone place/Clone transition).
Nyní je třeba doplnit značení sítě. CPN tools je nástroj primárně určený pro barevné sítě, proto je nutné doplnit typy míst. Kliknutím na místo a následně klávesou TAB je možné přepínat mezi jménem místa, typem místa a počátečním značením. Využijeme typ "UNIT", což je typ, který obsahuje pouze jednu hodnotu "()" (nultice). Tato nultice pro nás bude představovat (černobílý) token. Násobnost se zapisuje jako X`() (například 5`() znamená pět tokenů). Doplňte typy míst, počáteční značení a značení na hranách.
Stejným způsobem jako u "Create" vytáhněte položku "Simulation". Síť je možné simulovat pouze pokud neobsahuje chyby (červená "aura" kolem míst/přechodů/hran) nebo nechybí nějaká povinná součást (oranžová aura). Zelená aura značí proveditelný přechod. Důležité je 4. tlačítko ("proveď krok simulace") a 1. tlačítko ("reset simulace na začátek"). Při provádění kroku simulace je možné kliknout na proveditelný přechod a tím jej provést nebo kdekoli jinde do sítě, což vybere náhodně jeden z proveditelných přechodů. Pro reset simulace stačí kliknout kdekoliv do sítě.
Síť je možné uložit otevřením kruhového menu (pravým tlačítkem) nad názevem sítě (defaultně: "New net.cpn") v levém sloupci.